Zadanie było ogromne, a młody ksiądz nie dysponował żadnymi środkami finansowymi, nie miał wykształconych współpracowników, ani bogatych darczyńców. Na dodatek nie było żadnej kościelnej tradycji, ani oficjalnej aprobaty, na której mógłby się wspierać. Bo chociaż podstawowa wizja była prosta, to instytucja, którą zakładał, nie będzie łatwa do zrozumienia. Z pewnością nie brakowało mu optymizmu i przekonania, że Dzieło było czymś od Boga. Jednakże trudności były duże.
Aby potwierdzić, że projekt pochodził od Niego, Bóg ukazał znowu swoją obecność, aby położyć solidne fundamenty powstającej budowli oraz osób, które miały nad nią pracować. Była połowa października 1931 roku, kiedy Josemaría, jadąc tramwajem, otrzymał, niczym w prezencie, nieporównaną modlitwę: „Czułem działanie Pana, który z nieprzepartą siłą uformował te delikatne słowa w moim sercu i na moich ustach: Abba! Pater! (‘Abba! Ojcze!’)...
Prawdopodobnie wypowiedziałem tę modlitwę głośno. Szedłem ulicami Madrytu bez celu, chyba przez godzinę, może dwie, nie potrafię dokładnie powiedzieć – czas mijał tak szybko. Ludzie musieli myśleć, że oszalałem. Dzięki światłom, które nie były moje, ujrzałem tę zdumiewającą prawdę. To było jak rozżarzony węgiel w moim sercu, nie do ugaszenia”.
Już wcześniej jego duchowe życie było ukształtowane przez dziecięce zaufanie Bogu, jednak teraz poznał nieodgadnioną głębię tajemnicy Boskiego przybrania za synów w Jezusie Chrystusie. „Zrozumiałem, że synowstwo Boże musi być podstawową cechą naszego duchowego przesłania: Abba, Pater! oraz że poprzez przeżywanie Boskiego synostwa, moi synowie i córki będą przepełnieni radością i pokojem, ochraniani przez nieprzezwyciężoną ścianę. Będą apostołami radości, szerzącymi pokój wśród bliźnich, nawet w czasach cierpienia – swojego czy też innych. Właśnie dlatego, iż jesteśmy przekonani, że Bóg jest naszym Ojcem”.
Służył nadal chorym i biednym, szukając w ich modlitwie i cierpieniu ofiarowanym Bogu, siły do urzeczywistnienia Boskich planów. Ks. José María Somoano, jeden z księży, który pomagał mu w opiece nad śmiertelnie chorymi, przyłączył się do Opus Dei. Podobnie uczyniła pewna młoda dziewczyna, María Ignacia García Escobar, która chorowała na gruźlicę i niedługo potem zmarła, ofiarowując życie za Dzieło.
W roku 1933 miał już zebraną wokół siebie grupę studentów. Spotykał się z nimi tak często, jak tylko mógł, zachęcając ich do namiętnej miłości do Jezusa. Wspólne spacery nierzadko prowadziły ich do kafejki o nazwie El Sotanillo, gdzie przy gorącej czekoladzie wyjawiał im swoje marzenia o apostolstwie na całym świecie. Chętnie pożyczał im książki o życiu i śmierci Pana. W jednej z nich, którą sprezentował pewnemu młodemu chłopcu, napisał dedykację:
„+ Madryt, 29 maja 1933 roku
Obyś szukał Chrystusa.
Obyś znalazł Chrystusa.
Obyś ukochał Chrystusa.”
Zapraszał studentów, aby razem z nim odwiedzali chorych i ubogich, świadcząc im drobną pomoc. Organizował lekcje religii w dzielnicach nędzy, aby młodzi ludzie mogli pomagać potrzebującym. W końcu nadszedł moment rozpoczęcia zajęć formacyjnych, aby przekazać studentom ducha Dzieła w sposób bardziej kompletny i systematyczny. Na pierwsze spotkanie do schroniska prowadzonego przez zakonnice zaprosił bardzo wiele osób. Przybyło tylko trzech. Mimo wszystko był zadowolony. Po spotkaniu zaprowadził ich do kaplicy i odprawił dla nich błogosławieństwo Najświętszym Sakramentem: „Błogosławiłem tę trójkę... i widziałem trzystu, trzy tysiące, trzy miliony, trzy miliardy... Biali, czarni, żółci, każdej rasy – wszelkie kombinacje, które miłość ludzka może stworzyć. Ale okazało się, że się myliłem, ponieważ nasz Pan okazał się jeszcze bardziej hojny”.
W roku 1930 Isidoro Zorzano, pewien młody inżynier, który wspólnie z Josemaríą chodził do szkoły w Logroño, poprosił o przyjęcie do Opus Dei. W jego ślady poszli inni. Założyciel uświadomił sobie teraz, że pilnie potrzebuje miejsca dla formacji, które dałoby jedność apostolstwu i uczyniło je widocznym. Regnare Christum volumus!- powtarzał jako akt strzelisty – chcemy, by Chrystus królował. Apostolskim narzędziem, o którym myślał, miała być świecka organizacja, działająca w duchu chrześcijańskim. Tak też w roku 1933 powstała Akademia DYA. Swoją siedzibę miała w jednym z mieszkań w Madrycie. Były tam prowadzone kursy z prawa i architektury, stąd skrót DYA: Derecho y Arquitectura (prawo i architektura). Jednak dla założyciela i jego młodych współpracowników te trzy litery miały głębsze znaczenie: Dios y Audacia – Bóg i Odwaga. A odwagi potrzebowali. Z ekonomicznego punktu widzenia cudem było już samo utrzymanie Akademii.
W rzeczywistości było to coś więcej, niż tylko centrum akademickie: było to miejsce chrześcijańskiego formowania się studentów, którzy mogli tam także poprosić księdza o kierownictwo duchowe. To formowanie było skierowane na osobiste utożsamienie się z Jezusem Chrystusem. W pokoju, gdzie przyjmował Josemaría, na ścianie wisiał czarny, drewniany krzyż, bez wizerunku Chrystusa. Gdy ktoś pytał go o jego znaczenie, wyjaśniał: „To miejsce czeka na swojego ukrzyżowanego i tym ukrzyżowanym... musisz być Ty”.
Na następny semestr, 1934/1935 roku, św. Josemaría zaplanował kolejne kroki: Akademia miała się przeprowadzić do większego mieszkania, w którym studenci mogliby korzystać z noclegu. Jeśli chodzi o stronę finansową, można powiedzieć, że sytuacja była beznadziejna. Prosił więc wszystkich o modlitwę i oddał się Bożej opatrzności. I rzeczywiście: na początku semestru Akademia otworzyła swoje bramy na ulicy Ferraz. Bez cudów, poprzez wiele cierpień, wiele modlitwy i ufnej wiarą. Deo omnis gloria! – modlił się, „cała chwała Bogu”.
W grudniu 1934 roku, został rektorem Królewskiego Patronatu Świętej Elżbiety, gdzie już wcześniej był kapelanem. W jego skład wchodził klasztor sióstr Augustianek, założony przez świętego Alonso de Orozco.
W tych latach zaczął także sporządzać dokumenty założycielskie: instrukcje i długie listy dotyczące ducha i sposobów prowadzenia apostolstwa właściwego Opus Dei, które miały służyć także następnym pokoleniom. Oto przykład: „Dzieło Boże przychodzi, aby spełnić wolę Boga. Bądźcie więc przekonani, że Niebo jest zaangażowane w to, by się zrealizowało... Kiedy nasz Pan planuje jakieś dzieło na korzyść ludzi, najpierw myśli o tych, których użyje jako narzędzi...i daje im potrzebną łaskę. To nadprzyrodzone przekonanie o Boskiej naturze przedsięwzięcia, napełni was w końcu takim entuzjazmem i miłością do Dzieła, że będziecie z wielką radością poświęcać się, aby mogło się ono zrealizować”.
W roku 1934 został również opublikowany zbiorek jego myśli do medytacji, zatytułowanych „Rozważania duchowe”, które kilka lat później z kilkoma dodatkami i ponowną redakcją, stały się „Drogą”. Zamierzeniem tych punktów było odnowienie ducha chrześcijańskiego młodych ludzi, studentów i pracowników, prowadząc ich do życia prawdziwie kontemplacyjnego.
W lipcu 1935 roku, Álvaro del Portillo, znakomity student i przyszły inżynier, poprosił o przyjęcie do Opus Dei. Został najbliższym współpracownikiem Escrivy i po śmierci założyciela przewodził Opus Dei.
Tymczasem życie w Hiszpanii stawało się coraz bardziej niebezpieczne. Antyreligijna postawa ekstremistycznych grup stawała się coraz śmielsza i bardziej brutalna. Dochodziło nawet do palenia kościołów i klasztorów, zabójstw księży i zakonników.